Setidaknya sejak 2000 SM, pulau Jawa dihuni oleh homo sapiens (manusia modern), sejak migrasi etnik Melayu Deutro dari Yunnan, Cina selatan. Sejak awal abad, orang Jawa telah menjalin hubungan perdagangan dan budaya dengan India dan Cina. Maka budaya asing mulai masuk, seperti budaya Hindu. Ini dibuktikan dengan ditemukannya prasasti batu prasasti dari jaman itu, seperti batu prasasti bertulisan yang ditemukan di Ciaruteun, Bogor. Dari prasasti diketahui ada salah satu kerajaan awal Jawa bernama Tarumanagara (358-669 M). Purnavarman (395-434 M) adalah raja yang paling populer.
Sementara itu, pada tahun 669-1579 kerajaan Sunda berkembang di Jawa Barat. Kerajaan Sunda diperintah oleh Maharaja Sri Jayabupati Jayamanahen Wisnumurti Samarawijaya Sakalabuwanamandaleswaranindita Haro Gowardhana Wikramottunggadewa .
Pada 1222, Ken Arok mendirikan salah satu kerajaan awal Jawa bernama Kerajaan Singhasari (1222-1292). Dia memerintah kerajaan sampai tahun 1292. Pada 1227 Anusapati membunuh Ken Arok. Anusapati kemudian menjadi raja Singhasari. Anusapati hanya bertahan 20 tahun. Dia dibunuh oleh Tohjaya. Tiga tahun kemudian, Tohjaya terbunuh dalam pemberontakan yang dipimpin oleh Jaya Visnuvardhana.
Tahun 1268, Jaya Visnuvardhana meninggal, ia digantikan oleh Kertanegara (1268-1292). Pada tahun 1292, Kertanegara dikalahkan oleh pemberontakan Jayakatwang, juga ini adalah akhir dari Kerajaan Singhasari.
Kedatangan Islam juga membawa pengaruh besar bagi sejarah Jawa Indonesia. Salah satu perkembangan sentral Islam di Jawa adalah Kesultanan Demak (1475-1548) di Jawa Tengah . Kerajaan ini di Jawa didirikan oleh Raden Hasan . Dia kemudian diberi judul Shah Akbar Al Fatah , atau lebih dikenal dengan nama Raden Patah . Pada era Trenggono (1521), kesultanan Demak berkembang menjadi semacam negara federal dengan Islam sebagai pemersatu.
Selama periode ini, kerajaan Samudera Pasai di Sumatra diserang oleh Portugis. Situasi ini memaksa seorang bangsawan bernama Fatahillah untuk menjauh dari Sumatra. Dia pindah ke Demak, Jawa Tengah. Fatahillah kemudian menikah dengan saudara perempuan Sultan Trenggana (1522-1548) dan diangkat sebagai Panglima Tentara Kesultanan Demak. Fatahillah kemudian menyerang dan mengambil alih kota-kota penting Kerajaan Sunda, termasuk Cirebon dan Banten Indonesia .
Pada 1527, Sunda Kelapa (sekarang Jakarta ) juga ditaklukkan oleh Fatahillah. Setelah penaklukan ini, Sunda Kelapa diganti namanya menjadi Jayakarta. Seperti sejarah Jawa Indonesia, 22 Juni 1527, hingga sekarang diperingati sebagai hari jadi Jakarta.
Pada bulan Juli 1596, ekspedisi Belanda yang dipimpin oleh Cornelis de Houtman tiba di Jayakarta. Meski hanya untuk perdagangan, tetapi pada akhirnya Perusahaan Hindia Timur Belanda atau VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) memiliki ambisi untuk menguasai daerah tersebut.
Pada 1550, Sultan Trenggana terbunuh. Setelah Sultan Trenggana meninggal, terjadi perebutan kekuasaan. Dalam pergulatan itu, ada seseorang bernama Pamanahan. Pamanahan membantu Adiwijaya (Adipati daerah Surabaya ) untuk memenangkan perjuangan ini. Kemudian Adiwijaya menjadi Raja (sultan) baru Demak. Sebagai imbalan atas bantuannya, Pamanahan memberikan wilayah Mataram (sekarang di sekitar Kota Gede, Yogyakarta ).
Pada 1619, pasukan Belanda di bawah komando Pieters Coen, menyerang dan berhasil menguasai Jayakarta. VOC kemudian mengubah Jayakarta menjadi Batavia.
Sementara itu, di sekitar abad ke-16 sejarah Jawa Indonesia, berkembang Kesultanan Mataram (berbeda dari Kerajaan Mataram), sebuah kerajaan muslim di Jawa Tengah Sejarah Indonesia. Kesultanan mencapai kejayaannya di era Sultan Agung Hanyokro Kusumo (1613-1645). Sultan Agung berhasil memperluas kerajaannya hingga seluruh wilayah Jawa Tengah, sebagian Jawa Timur , Kalimantan, dan sebagian Jawa Barat.
Sultan Agung juga menyerang VOC di Batavia pada tahun 1628 dan 1629. Tetapi ia gagal mengalahkan VOC. VOC memperlakukan Kesultanan Mataram dengan persetujuan Giyanti. Berdasarkan ketentuan perjanjian, setengah timur Kesultanan Mataram di Jawa Tengah diberikan kepada Pakubuwono III dengan Surakarta sebagai ibukotanya, sementara setengah barat diberikan kepada Pangeran Mangkubumi dengan ibukotanya di Yogyakarta .
Akhirnya pada tanggal 31 Desember 1799, VOC dinasionalisasi oleh pemerintah Belanda. Seluruh wilayah Indonesia diambil alih oleh pemerintah Belanda di Batavia. Pada 1807, Belanda secara resmi menyatakan bahwa kepulauan Kepulauan adalah bagian dari Kerajaan Belanda. Sebagai gubernur jenderal pertama adalah Daendles Hermann Wilhelm (1808-1811).
